這個以進步的社會科學探索台灣社會和歷史的傳統，在1931年遭到日帝的鎮壓。繼之，在1950年到54年的白色恐怖中，此一傳統作為一門科學、知識和哲學，遭到殘酷和徹底的破壞而完全中絕者凡四十年。1950年後，美國保守、自由派社會科學，作為意識型態霸權，支配了台灣戰後社會科學領域，基本上為冷戰體制下台灣反共國家安全體系的建制，提供辯護的服務。
1980年代中後，台灣的政治經濟起了巨大變化。然而，台灣的社會科學界對此一新變化卻無法提出前進的、批判的說明。
我們有鑑於此，深感一方面批判地繼承20年代台灣社會性質論的遺產，一方面又進一步汲取二戰以後依附理論、世界體系論以及其他各種進步的關於社會、政治、經濟和文化各理論新的反省與發展，同台灣社會具體現實結合起來，建構一個科學地、批判地認識和改造台灣社會與歷史的論述系統，誠為當務之急。
欲達到這些目的，我們協意成立了這個研究會。
——台灣社會科學研究會．章程前言（1993年）［本文由陳映真等人所撰寫］
由於台灣社會裡充滿了台獨的論說，特別在台灣史方面，因此這幾年我想解決，就是對臺灣史有比較清楚的了解。我一方面自己讀書，一方面覺得一個人讀，不如多幾個人讀，就搞了一個讀書會，這個讀書會的名稱就叫「台灣社會科學研究會」，都是一些業餘的聚在一起讀書，不是真科班的那種學術界的人。在讀有關台灣的社會科學之餘，我的慾望越來越強，很想在對台灣歷史的比較與多一點理解的基礎上，重讀台灣的文學。
萬一我們將來要寫關於台灣社會各方面的論文的時候，我相信我們的筆調會更豐潤一點，不會說是什麼階級啊，是什麼叛徒啊，比較不會讓我們變成一個非常狂熱，不饒人，容不得別人，敵我分明的那種──我現在很憎恨那種文章──我想如果我們不只是認識到台灣的社會科學的歷史，如果也能透過台灣的文學史與文學的閱讀來理解台灣的人的歷史，那麼這兩個相結合，將使我們對台灣史的理解更深刻。……
——陳映真談台灣社會科學研究會（1996年）
［ 陳映真、黎湘萍，〈陳映真先生談臺灣後現代問題〉。《東方藝術》，1996年第3期（北京），21。］
［ 陳映真、黎湘萍，〈陳映真先生談臺灣後現代問題〉。《東方藝術》，1996年第3期（北京），21。］
我們所理解的「社會科學」，是一套伴隨著國際社會主義運動（特別是馬克思主義革命運動）在二十世紀東亞的傳播而同時發展起來的思想傳統；實際上，早在一九二零年代的台灣乃至全東亞，「社會科學」一語正是馬克思主義理論體系的代名詞。
由於這套思想傳統與二十世紀東亞社會變革史有密切聯繫，因此這套思想傳統也特別重視對於（二十世紀）社會變革史的回顧，並期待能從歷史的總結中探知歷史前進的方向。這份對於人類前途的熱望，形成了馬克思主義「歷史科學」的顯著特色；而台灣幾個世代的「社會科學」理論成果也包含其中。誠如台灣社會科學研究會創始人陳映真所言：「站在推動、改變歷史的立場的史論，站在和歷史動向相應的立場的史論，比站在阻止歷史發展、維持歷史現狀者的史論，站在違逆歷史運動方向與潮流者的史論，總要更接近客觀、真實。當然，史論和其他的知識理論體系一般，對相對事實（史實）的掌握是不是正確，立論的邏輯構造是不是完全，是基本的要求。」（陳映真，〈臺灣史瑣論〉，《歷史月刊》，第105期（1996，台北），48。）
與「社會科學」緊密結合的台灣社會主義運動雖然屢遭鎮壓，但二十世紀台灣各時期的「社會科學」理論成果，基本上都能超越鎮壓所造成的中斷而得到接續，或者由台灣不同世代的「社會科學」研究者重新提出相同的問題（比方：反帝反封建、超克冷戰內戰「雙戰體制」）。在中斷之中所凸顯的接續與共同問題，恰恰是「社會科學」得以──或仍然得以──成為台灣最有延續性之思想傳統的根本原因。這一事實提示了一種可能（或者我們應當如此理解這一事實）：鎮壓與鎮壓之間的台灣「社會科學」研究者並不盲目逐新、譁眾取寵，而是為了實踐、為了直面最緊要的現實問題，從而站上理論戰線；而只要「社會科學」研究者面向了現實，便必然會回顧歷史，並總是能與更早的理論成果產生自覺或者不自覺的「接續」。
「社會科學」所指涉的思想傳統可能實現了思想資源的積累，也可能沒有；而即便是實現了積累，也可能是沒有理論發展的積累。但即便是沒有發展的積累，也為將來的發展提供了基礎，或為了這一湮沒於幽暗處的積累，提供了被發掘的可能。而此正是台灣社會科學研究會重新發掘前述意義之「社會科學」的基本立意。
成立於1993年的台灣社會科學研究會是台灣史上第一個試圖整理這套理論傳統及其「接續史」的團體，並且已經形成了相當分量的研究成果。以這些成果為基礎，台灣社會科學研究會應當進而努力成為一個以海峽兩岸社會變革（克服民族分裂與內戰體制、復興社會主義）、東亞社會變革（超克冷戰體制、排除美日帝國主義干涉），以及世界社會變革為基本關懷的民間研究機構，為了一切進步力量的壯大而鬥爭！
——關於「台灣社會科學會」的補充說明（2010 年）
